Lo del cambio de medico creo que lo mejor es que vayas a tu centro medico y lo preguntes.
Sobre si ese medico te dará la baja, pues cada medico da la baja o no segun considere que haya motivos o no para darla. Pero como digo, si tu embarazo está avanzado puedes pedir la baja maternal dentro del periodo legal para pedirla (es entendible que en embarazos avanzados ya estas pesada y no puedes desarrollar bien el trabajo)
Y sobre lo de problemas en el trabajo por el cambio de domicilio, tambien lo puedes preguntar en el trabajo, pero no entiendo porque vas a tener problemas, estando de baja se supone que les de igual donde estes.